Geboren op 17 augustus 1834 te Harelbeke, aan de boorden van de Leie, was Benoit voorbestemd om musicus te worden. Zijn vader, Petrus Jacobus, was immers bezeten door de muziek, gaf zelf muziekonderricht en zorgde ervoor dat al zijn kinderen een instrument bespeelden. Constant en Edmond, twee broers van Peter, studeerden ook aan het Brusselse Conservatorium. De eerste leerde viool en de tweede bazuin. Ook Peters zuster, Leonie, gaf muziekles te Sint-Andries bij Brugge waar zij in het klooster was getreden.

Dat Peter Benoit in zijn beginperiode hoofdzakelijk godsdienstige muziek componeerde zal wel te danken zijn aan het feit dat hij reeds als zesjarige knaap, samen met zijn vader, op het doksaal van de Sint Salvatorkerk vertoefde, (gebouwd tussen 1769 en 1774 naar de plannen van architect L. Dewez) en er later als violist meespeelde met het kerkorkest van zijn geboortestad.
Zijn eerste Mis schrijft hij reeds op veertienjarige leeftijd, en in het Peter Benoit-museum te Harelbeke berust een "Tantum Ergo", gecomponeerd toen hij 16 jaar oud was. De naamtekening hierbij "Par Benoit fils" wijst er op, dat ook vader Benoit componeerde.
Uit zijn studietijd vinden wij nog 32 motetten terug.
Eerst studeerde de kleine Peter piano en orgel bij meester Carlier te Desselgem. In 1851 werd hij leerling aan het Conservatorium te Brussel, waar hij de Rome-prijs behaalde in 1857.
Ondertussen was hij reeds dirigent aan de Vlaamse schouwburg te Brussel, doch met zijn studiebeurs, verbonden aan de Rome-prijs, vertrok hij naar Duitsland en liet er te Berlijn zijn achtstemmige "Ave Maria" uitvoeren. Tijdens deze reis maakte hij ook reeds kennis met Franz Liszt.

Daarna vinden wij hem terug te Parijs als dirigent aan de Bouffes Parisiennes. Hier werkte hij aan zijn godsdienstige quadrologie Kerstmis (1859), Mis (1860), Te Deum (1862) en Requiem (1863), en schreef er een massa pianowerken: polonaises, mazurkas, fantasies, caprices, balladen en vertellingen.
Eenmaal terug in het vaderland trad hij in het huwelijk met Flore Wantzel op 6/10/1863. Uit deze tijd dateren twee bijzondere orkestwerken: Symfonisch gedicht voor klavier en orkest en symfonisch gedicht voor fluit en orkest.

Ook rond deze tijd kwam Benoit onder de invloedsfeer van E.Hiel en begon zijn vruchtbare oratoria-periode: Lucifer (1865), Prometheus (1867), De Schelde (1868), De Oorlog (1873), De Leie (1875), De Rubenscantate (1877), de Waereld in (1878), Hucbald (1880), De Genius des Vaderlands (1880), De Muze der Geschiedenis (1880), Hymne aan de schoonheid (1882), Van Rijswijck-cantate (1884), Hymne aan de vooruitgang (1885), De Rijn (1889), Ledeganckcantate (1897).

Eveneens vermelden wij nog als lyrische drama's: Charlotte Corday (1876), De Pacificatie van Gent (1876) en Karel Van Gelderland (1892). Ondertussen componeerde hij nog ontelbare liederen, werken voor diverse instrumenten, kleinere koorwerken en godsdienstige stukken, o.a. "Drama Christi" (1871) en een "Kleine Mis" (1872).
Daarbij was hij sedert 1867 directeur benoemd van de Antwerpse muziekschool die hij zou uitbouwen tot een Kon. Conservatorium. (1898). Om dit resultaat te bereiken werd hij aanzienlijk geholpen door de uitstraling van zijn muziekpedagogische opvattingen. Hij schreef ontelbare studies in verband met het muziekonderricht en de Vlaamse muziek in het bijzonder. Zijn visie werd bijgetreden door eminente figuren als Franz Liszt, Charles Gounod en vele andere buitenlanders.
Uitvoeringen van zijn voornaamste werken vinden plaats te Parijs, Londen, Wenen, Amsterdam, Den Haag, Düsseldorf; zelfs tot in Amerika.
Vroegtijdig afgemat door de zware strijd die hij voerde tegen onbegrip en onwil, en ook door een erge ziekte die vooral de laatste jaren van zijn leven bijzonder smartelijk maakten, overleed hij te Antwerpen op 8 maart 1901 en werd door gans zijn volk als een koning ten grave gedragen.